Společnost Daikin má v současné době v České republice umístěné dvě továrny, jedna má své sídlo v Plzni, druhá v Brně. Kromě obou továren se v České republice nachází ještě obchodní sídlo společnosti Daikin, které sídlí v Praze. 

Továrna v Plzni

Česká republika, a především pak Plzeň, byly pro výstavbu nového závodu vybrány především díky své atraktivní poloze. Nachází se v blízkosti hranic s Německem, lze se zde také rychle napojit na dálniční síť spojenou s jižní Evropou. Další důvodem byl i velký potenciál kvalitních pracovníků.

Stěžejní továrna se nachází v Plzni nese název Daikin Industries Czech Republic (DICZ) a založena byla v roce 2004. Už o dva roky později získala společnost certifikáty jakosti a životního prostředí ISO 9001 a ISO 14001.

Továrna je zaměřena především na výrobu produktů pro domácnosti. Ve velkém množství se zde vyrábějí rezidenční jednotky určené pro koncové uživatele. K dnešnímu dni se v plzeňské továrně vyrábí na třech montážních linkách venkovní klimatizační jednotky a na šesti linkách pak vnitřní jednotky různých modelů. 

Továrna v Brně

Druhou továrnu společnosti Daikin naleznete ve druhém největším městě v ČR, v Brně. Tato továrna vznikla v roce 2006 ze strategických důvodů. Jedním z nejdůležitějších prvků každého klimatizačního systému je kompresor a z toho důvodu vznikla v Brně, továrna Daikin Device Czech Republic (DDCZ), která se zabývá výrobou tohoto důležitého prvku pro řadu dalších evropských továren.

Továrna v Brně se zabývá především výrobou spirálových kompresorů a kompresorů swing, které jsou určené pro jednotky s nízkým výkonem. To ale není vše. Dále se zde vyrábějí také akumulátory pro jednotky Sky Air a hydroboxy a zásobníky na teplou užitkovou vodu, která jsou součástí tepelného čerpadla Daikin Altherma.